La metodologia amb la qual treballa Ndako·Ona suposa que primer es constitueix un grup entorn d’un interès o preocupació compartits. Després, cada participant tria un aspecte específic del tema que li interessi investigar, per a desenvolupar-lo al llarg del projecte. El grup es reuneix periòdicament per a compartir les seves lectures, troballes, dubtes i preguntes, posant-les en comú per a la seva discussió. L’objectiu és que les elaboracions individuals dels participants generin efectes en la seva pròpia praxi professional o en l’acció col·lectiva
Es convida a cadascun dels participants a produir un text que reculli el producte de les seves lectures i deliberacions al llarg del procés investigativo. Algunes d’aquestes produccions es podran publicar en el lloc web de Ndako·Ona o en altres publicacions de l’Associació.
Existeixen dues modalitats de constitució d’un grup de recerca: una d’elles és que un grup ja format proposi a Ndako·Ona un tema de recerca, i l’altra, que persones de diferents procedències s’adhereixin a una proposta de Ndako·Ona. Les coordinadores estan a càrrec d’aquests espais, de dinamitzar els grups i d’editar i publicar les produccions finals, en el seu cas.
Els projectes de recerca tenen una temporalitat màxima d’un any, amb trobades mensuals d’una hora i mitja de durada.
El cost total de l’espai de recerca s’abona en el termini estipulat, abans d’iniciar el projecte.